Už pagrindinį ugdymą progimnazijoje atsakinga direktoriaus pavaduotoja ugdymui Audronė Pivorienė.
Pagrindinio ugdymo tikslas – suteikti asmeniui dorinės, sociokultūrinės ir pilietinės brandos pagrindus, bendrąjį raštingumą, technologinio raštingumo pradmenis, ugdyti tautinį sąmoningumą, išugdyti siekimą ir gebėjimą apsispręsti, pasirinkti ir mokytis toliau.
Privaloma Pagrindinio ugdymo programa sudaryta iš dviejų dalių: I dalis – ketveri metai (5-8 klasės), II dalis – dveji metai ( 9-10 klasės).
Klaipėdos Prano Mašioto progimnazijoje mokiniai baigia I dalies Pagrindinio ugdymo programą.
Mokyklos mokymosi aplinka sudaro galimybes mokinių aktyviam ugdymui(si), mokymuisi įvairaus dydžio grupėse, praktinei, eksperimentinei, teorinei ir kitokiai veiklai. Sudarytos sąlygos dirbti inovatyviai naudojant šiuolaikines mokymo technologijas.
Ugdymas vykdomas ne tik mokykloje, bet ir už mokyklos ribų, mokyklos socialinių partnerių edukacinėse aplinkose: muziejuose, lauko erdvėse ir kitur.
Nuo 5 iki 8 klasės įgyvendinama socialinių emocinių įgūdžių programa Lions Quest“ Paauglystės kryžkelės“.
Pagrindinio ugdymo programa įgyvendinama vadovaujantis Pagrindinio ugdymo bendrosiomis programomis, bendraisiais ugdymo planais, kuriuos tvirtina Lietuvos Respublikos švietimo, mokslo ir sporto ministras.
